Finalnym etapem „pierwszej fali” działań organów ścigania jest podjęcie merytorycznej decyzji o zastosowaniu (bądź braku stosowania) wobec podejrzanego określonych środków zapobiegawczych i realizacja stosownych działań w tym zakresie. Na tym etapie decyzja o zastosowaniu tzw. wolnościowych środków zapobiegawczych należy do prokuratora prowadzącego postępowanie, jednak w przypadku uznania, że dla zabezpieczenia prawidłowego przebiegu postępowania niezbędne jest tymczasowe aresztowanie podejrzanego, konieczne będzie skierowanie stosownego wniosku do sądu.

Od chwili zatrzymania prokurator ma 48 godzin na wystąpienie do sądu rejonowego z wnioskiem o zastosowanie tymczasowego aresztowania wobec zatrzymanego. W innym wypadku, zatrzymany musi zostać zwolniony, a zastosowanie wobec niego mogą być wyłącznie nieizolacyjne środki zapobiegawcze.

W przypadku złożenia przez prokuratora wniosku o tymczasowe aresztowanie, sąd ma 24 godziny na jego rozpatrzenie.

Kierując wniosek o zastosowanie tymczasowego aresztowania, prokurator zobligowany jest do przedstawienia argumentacji wskazującej na konieczność zastosowania najsurowszego środka zapobiegawczego, oznaczenia wnioskowanego czasu jego stosowania i wskazania na jakich dowodach opiera swoje twierdzenia.

Co bardzo istotne, dowody wskazane w złożonym do sądu wniosku są dla podejrzanego i obrońcy jawne i powinny zostać im udostępnione przed posiedzeniem sądu. To z kolei umożliwia podjęcie właściwej obrony, zarówno w sferze przedstawienia ewentualnego pisemnego stanowiska, jak i wyartykułowania argumentów w trakcie posiedzenia sądu. Mimo krótkiego okresu czasu, a także często ogromu materiału jaki do momentu zatrzymania zgromadził organ ścigania, pomoc obrońcy na już na tym etapie pozwoli wskazać wszelkie nieścisłości i  wątpliwości wynikające ze zgromadzonego materiału oraz przedstawić argumenty przemawiające na korzyść podejrzanego.

Zastosowanie środków zapobiegawczych, w tym tymczasowego aresztowania może mieć miejsce jedynie w wypadku, gdy:

• zaistnieje potrzeba zabezpieczenia prawidłowego toku postępowania, a jednocześnie,
• do­wo­dy ze­bra­ne w trak­cie pro­wa­dzo­ne­go po­stę­po­wa­nia, ale jesz­cze przed za­sto­so­wa­niem środ­ka za­po­bie­gaw­cze­go, wskazują na du­że prawdopodobieństwo po­peł­nie­nia przez podejrzanego zarzucanego mu czy­nu (tzw. ogólna przesłanka stosowania środków zapobiegawczych).

Mając na względzie powyższe, zastosowanie środków zapobiegawczych (w tym tymczasowego aresztowania) może mieć miejsce, gdy ist­nie­je re­al­ne praw­do­po­do­bień­stwo, że po­dej­rza­ny bę­dzie utrud­niał pro­wa­dzo­ne po­stę­po­wa­nie np. za­cie­ra­jąc do­wo­dy, kon­tak­tu­jąc się ze współpo­dej­rza­nymi al­bo gro­żąc po­krzyw­dzo­nym. Takie okoliczności muszą zostać ustalone w toku postępowania karnego, a nie być jedynie przejawem dowolnych twierdzeń organu prokuratorskiego.

Do zastosowania tymczasowego aresztowania, oprócz wystąpienia wyżej wymienionych przesłanek, koniecznym jest także spełnienie jednej z tzw. przesłanek szczególnych. Obejmują one:

• uzasadnioną obawę ucieczki lub ukrywania się podejrzanego,
• uzasadnioną obawę, że podejrzany bę­dzie na­kła­niał po­krzyw­dzo­ne­go, świad­ków, bądź wspó­ło­skar­żo­nych do skła­da­nia fał­szy­wych ze­znań lub w in­ny bez­praw­ny spo­sób utrud­niał po­stę­po­wa­nie,
• realną obawę wymierzenia surowej kary.

Najsurowszy środek zapobiegawczy można wyjątkowo zastosować także wtedy, gdy zachodzi uzasadniona obawa, że oskarżony, któremu zarzucono popełnienie zbrodni lub umyślnego występku, popełni przestępstwo przeciwko życiu, zdrowiu lub bezpieczeństwu powszechnemu, zwłaszcza gdy popełnieniem takiego przestępstwa groził.

Jednocześnie tymczasowego aresztowania nie stosuje się (przesłanki negatywne), gdy:

• pozbawienie podejrzanego wolności spowodowałoby dla jego życia lub zdrowia poważne niebezpieczeństwo,
• pociągałoby to wyjątkowo ciężkie skutki dla oskarżonego lub jego najbliższej rodziny,
• jeżeli na podstawie okoliczności sprawy należy przewidywać, że sąd orzeknie karę pozbawienia wolności z warunkowym zawieszeniem jej wykonania lub karę łagodniejszą albo że okres tymczasowego aresztowania przekroczy przewidywany wymiar kary pozbawienia wolności bez warunkowego zawieszenia,
• przestępstwo jest zagrożone karą pozbawienia wolności nieprzekraczającą 2 lat.

Należy również pamiętać, że tymczasowego aresztowania nie stosuje się, jeżeli wystarczający jest inny środek zapobiegawczy. Na etapie posiedzenie w przedmiocie rozpoznania wniosku prokuratury o zastosowanie tymczasowego aresztowania należy zatem przedstawić wszystkie możliwe i dostępne w tym czasie argumenty, świadczące o zbędności skorzystania z najsurowszego środka zapobiegawczego, tak odnoszące się do samej materii postępowania i treści stawianych podejrzanemu zarzutów, jak i stosunku zainteresowanego do prowadzonego postępowania oraz możliwości wpływu na jego przebieg.

Postanowienie w przedmiocie zastosowania tymczasowego aresztowania jest natychmiast wykonalne, natomiast w przypadku odmowy uwzględnienia wniosku prokuratury przez sąd, podejrzany zostaje zwolniony. Sąd nie przychylając się do wniosku w zakresie tymczasowego aresztowania, może jednak, przy przyjęciu zaistnienia ww. przesłanki ogólnej, zastosować wobec podejrzanego  środki o charakterze wolnościowym.

Zarówno w przypadku zastosowania przez sąd rejonowy tymczasowego aresztowania wobec podejrzanego, jak i odmowy zastosowania tego środka, stronom postępowania przysługuje na postanowienie w tym przedmiocie środek zaskarżenia w postaci zażalenia do Sądu II instancji, który należy złożyć w terminie 7 dni od dnia ogłoszenia postanowienia lub jego doręczenia.